San-Gavino-d'Ampugnani, situé en moyenne montagne en Haute-Corse, bénéficie d'un climat méditerranéen avec des influences montagnardes, caractérisé par des étés chauds et secs et des hivers frais et humides. La proximité de la côte et l'altitude modèrent les températures, offrant un microclimat unique.