Saint-Gilles-des-Marais, situé dans l'intérieur des terres de l'Orne (61), bénéficie d'un climat tempéré avec des influences continentales, caractérisé par des hivers frais et des étés doux. La proximité de la forêt d'Écouves contribue à modérer les températures et à augmenter l'humidité.